Die Plasmide werden zunächst mit sog. Restriktionsenzymen zerschnitten, wodurch verschiedene lineare DNA-Stücke entstehen. Anschließend werden die DNA-Stücke wieder zu Ringen zusammengefügt. Hierzu verwendet man das Enzym Ligase. Die neu entstehenden Plasmide enthalten die oben genannten Gene oder haben diese verloren.

Die Plasmide werden in Bakterienzellen eingeschleust, welche anschließend auf Agarböden gezüchtet werden.

Als Ergebnis kann man Bakterienkolonien erkennen, die weiß, blau und /oder grün leuchtend erscheinen